تتمثل مهمة الأمين العام ، تحت سلطة وتفويض وزير التعليم العالي والبحث العلمي ، في القيام بالمهام المحددة في المادة 9 من المرسوم رقم 075-93 المؤرخ 6 يونيو 1993 ، ولا سيما:
تنشيط وتنسيق ومراقبة أنشطة القطاع
المتابعة الإدارية للملفات والعلاقات مع المصالح الخارجية
إعداد ميزانية القطاع ومراقبة تنفيذها;
إدارة الموارد البشرية والمالية والمادية المخصصة للقطاع;
الإعداد بالتعاون مع المكلفين بمهام والمستشارين الفنيين والمديرين للملفات التي ستدرج في جدول أعمال مجلس الوزراء والتنسيق في ظل نفس الشروط ، وصياغة موقف الوزارة