تتمثل مهمة الأمين العام ، تحت سلطة وتفويض وزير التعليم العالي والبحث العلمي ، في القيام بالمهام المحددة في المادة 9 من المرسوم رقم 075-93 المؤرخ 6 يونيو 1993 ، ولا سيما:

• تنشيط وتنسيق ومراقبة أنشطة القطاع
• المتابعة الإدارية للملفات والعلاقات مع المصالح الخارجية
• إعداد ميزانية القطاع ومراقبة تنفيذها;
• إدارة الموارد البشرية والمالية والمادية المخصصة للقطاع;
• الإعداد بالتعاون مع المكلفين بمهام والمستشارين الفنيين والمديرين للملفات التي ستدرج في جدول أعمال مجلس الوزراء والتنسيق في ظل نفس الشروط ، وصياغة موقف الوزارة

ويرتبط بالأمانة العامة الخدمات التالية:

1. قسم الوثائق: وهو مكلف بالأرشفة والبريد
2. قسم الإستقبال: إستقبال الزوار والستلام التظلمات
3. قسم الترجمة: وهو مكلف بإعداد وترجمة الوثائق التي تهم القطاع
4. قسم المسار الإداري: متابعة الملفات في المسارات الإدارية
5. قسم الأعمال المكتبية: مكلف بكل مايتعلق بالعمل المكتبي